Ispitivanje kakvoće mora za kupanje na morskim plažama na području Republike Hrvatske zakonska je obveza i predstavlja trajnu aktivnost ovog Upravnog odjela. Do 2009. godine obveza ispitivanja kakvoće mora bila je propisana Uredbom o standardima kakvoće mora na morskim plažama (NN 33/96). 01. siječnja 2009. godine na snagu je stupila nova Uredba o kakvoći mora za kupanje (NN 73/08) (u daljnjem tekstu „Uredba“).
Sukladno Direktivi 2006/7/EZ, Uredba propisuje praćenje novih mikrobioloških pokazatelja: crijevnih enterokoka i vrste Escherichia coli te njihovih dopuštenih graničnih vrijednosti. Isto tako, Uredbom se županije obvezuju svake godine odrediti morske plaže na kojima se provodi praćenje kakvoće mora za kupanje. Uz to, propisuje se i izrada kartografskih prikaza plaža i profila mora za kupanje do 2010. godine. More za kupanje ocjenjivat će se i razvrstavati na: izvrsno, dobro, zadovoljavajuće i nezadovoljavajuće. Uredbom je propisano i postupanje Inspekcije zaštite okoliša i drugih nadležnih inspekcija u slučajevima kratkotrajnog onečišćenja te naređivanje trajne zabrane kupanja na plaži kada mikrobiološki parametri nisu zadovoljili propisane granične vrijednosti. O podacima pojedinačnih ispitivanja u sezoni kupanja županije će obavješćivati javnost na internetskim stranicama i javnim medijima.